Čo sa deje s mojou vzorkou v laboratóriu?

Zaujíma vás, čo všetko sa deje s vašou vzorkou slín? Pripravili sme si pre vás krátke zhrnutie všetkých aktivít a procesov, ktoré musia byť vykonené, kým vám do profilu nahráme výsledky vašej DNA analýzy. Chcete vedieť, ako to prebieha? Čítajte ďalej.

Ako je možné vôbec niečo vyčítať zo slín?

Odber v podobe steru slín má v porovnaní s odberom krvi viaceré výhody, ako je dlhšia stabilita vzorky, bezbolestnosť či možnosť vykonať odber bez nutnosti zdravotníckeho personálu. Po odbere vzorky slín nie je predmetom skúmania tekutina ako taká, ale bunky sliznice z epitelu ústnej dutiny, ktoré sa v nej nachádzajú. Tieto bunky obsahujú vo svojom jadre DNA, ktorá je zložená z nukleotidov (A, G, C, T). Nukleotidy sú molekuly, ktoré podobne ako 1 a 0 v informatike slúžia na uchovanie informácie pre bunku o tom, ako má vyzerať a ako sa má správať. Práve DNA je zdrojom informácií aj pre nás, keďže ju dnes vieme výkonnými technológiami efektívne čítať.

V našom prípade sú týmito informáciami jednotlivé genetické varianty, tzv. SNP polymorfizmy. Single Nucleotide Polymorphism (hovorovo „snip“) predstavuje zmenu jediného nukleotidu v sekvencii nášho genómu na konkrétnom mieste. Táto zmena je dedičná a v populácii sa vyskytuje s určitou frekvenciou (zvyčajne viac než 1 %). Vo väčšine prípadov ide o bežné rozdiely medzi jednotlivými ľuďmi, ktoré boli v minulosti vo vedeckých štúdiách spájané s pravdepodobnosťou výskytu určitej vlastnosti

Ako prebieha proces spracovania, analýzy a vyhodnocovania mojej vzorky?

Vzorka putuje do laboratória označená iba pomocou unikátneho kódu, aby sa zabezpečila jej anonymita. Akonáhle sa vzorka slín dostane do laboratória, prevezme ju odborný personál, ktorý vykoná sériu validovaných laboratórnych postupov nevyhnutných pre získanie požadovaných dát vysokej kvality.

Prvým krokom je izolácia samotnej DNA. Tá prebieha buď cez kolónku, čiže akési miniatúrne filtre, ktoré zachytávajú iba DNA a prepúšťajú ostatné nečistoty, alebo pomocou magnetických guľôčok, ktoré vychytávajú DNA priamo z roztoku so vzorkou.

Po izolácii nasleduje proces prípravy vzorky na skenovanie, ktorý celkovo trvá 3 dni. Spočíva v namnožení DNA počas nočnej inkubácie, aby sme získali dostatočné množstvo informácie na detekciu signálu. Následne sa namnožená DNA poštiepi pomocou enzýmov na kratšie kúsky. Štiepenie DNA na krátke fragmenty je nevyhnutné, pretože len krátke fragmenty sú schopné efektívne nasadať na veľké množstvo špecifických sekvencií na čipe (tzv. próby), čo je ďalším krokom analýzy. Jednotlivé próby sú navrhnuté tak, aby zachytávali práve informácie o polymorfizmoch, ktoré nás zaujímajú.

Po špecifickom spárovaní fragmentov DNA zo vzorky so sekvenciami na čipe nasleduje fáza detekcie. Pri nej sa pridá na povrch čipu roztok obsahujúci 4 rôzne značené nukleotidy A, G, C, T. Príslušný enzým následne priradí 1 konkrétny nukleotid k oblasti nášho záujmu, čo je v našom prípade práve vybraný SNP polymorfizmus. Po priradení komplementárnej bázy nasleduje fáza skenovania čipu. V tejto fáze senzor zachytí jednotlivé fluorescenčné signály a prevedie ich do digitálnej podoby, ktorú následne vyhodnocuje príslušný softvér. Táto reakcia prebieha súčasne na státisícoch miest na čipe, čo umožňuje analýzu až približne 700 000 SNP pre každú vzorku a zároveň dokáže spracovať viacero vzoriek súčasne.

Výstupom tejto analýzy sú surové dáta (tzv. raw dáta)  obsahujúce informácie o jednotlivých naskenovaných miestach na čipe. V ďalších krokoch je analýza zameraná na kvalitu detekcie a vyhodnotenie celého procesu genotypizácie. Konečným výsledkom analýzy je teda súbor všetkých analyzovaných SNP polymorfizmov s vyhodnotením ich stavu u daného človeka. 

Celý proces prebieha v moderných laboratóriách pri čo najvyššej miere automatizácie a robotizácie pre zabezpečenie vysokej efektivity a minimalizácie chýb spôsobených ľudským faktorom. A ako vieme, že analýza prebehla správne? Pri každej vzorke sa vyhodnocuje presnosť analýzy na základe tzv. call rate hodnoty. Ak nie je táto hodnota dostatočne vysoká, analýzu je potrebné zopakovať. Tento proces zabezpečuje naša zákaznícka podpora.

Čo urobí laboratórium s mojou vzorkou po analýze? 

Po ukončení analýzy sú vzorky a dáta v laboratóriu uchovávané ešte po dobu 3 mesiacov. Dáta získané z analýzy zasiela laboratórium na ďalšie spracovanie k nám a jednotlivé výsledky si môžete pozrieť po prihlásení do svojho zabezpečeného účtu v našej webovej aplikácii. V účte máte tiež dostupné surové dáta z analýzy. Chceli by ste vidieť, ako vyzerajú vzorové výsledky našej DNA analýzy? Pozrite si ich v DEMO verzii aplikácie.